Pour pouvoir répondre aux demandes croissantes de l’État, et aux perspectives de reprise qui semblent se dessiner dans le transport des passagers, la famille Fraissinet engage en 1899 la construction d’un second chantier naval à Port-de-Bouc et amorce un processus de spécialisation : le site de la Madrague, à Marseille, produira les machines marines ; celui de Port-de-Bouc sera dédié à la réalisation des coques et des aménagements internes. Ce chantier naval – le quatrième de ce type à être fondé sur le littoral provençal par des entrepreneurs marseillais depuis les années 1830 – donne lieu à la formation d’une nouvelle entreprise – les Chantiers et ateliers de Provence (CAP) –, une société anonyme de 7 millions de francs dans laquelle on retrouve quelques unes des principales personnalités marseillaises du monde des affaires : Jules Charles-Roux, président, Augustin Ferraud, vice-président, Gustave Couve, Albert Rey, Amédée Rodrigues, les frères Mante, Henri Estier, Paul Cyprien-Fabre, Alfred Fraissinet, Edouard Gouin, Nicolas Paquet, Louis Noilly Prat, Théodore Rodocanachi et Périclès Zarifi. La famille Fraissinet conforte ainsi sa présence à tous les stades de sa filière, depuis la construction des machines marines et des coques jusqu’à l’exploitation des lignes maritimes. Grâce à la modernité de ses installations et de son mode d’organisation, le chantier parvient rapidement à s’imposer. Au total, trente navires marchands sont produits par les Chantiers et ateliers de Provence entre 1901 et 1914 – soit environ 13 % du tonnage de jauge brut national –, dont douze pour la seule Compagnie générale transatlantique présidée par Jules Charles-Roux , quatre pour la CMNV de la famille Fraissinet, deux pour Cyprien Fabre & Cie et deux également pour les Chargeurs réunis. Le choix de Jules Charles-Roux comme président à pleinement profité à l’entreprise. Dans le même temps, les bénéfices dégagés par les Chantiers et ateliers de Provence sont passés d’une moyenne annuelle de 343 000 francs entre 1901 et 1902, à 660 000 francs entre 1910 et 1912 .
